美国深海勘查潜艇赛任1号在一次例行任务中失事当局命令潜艇设计师主人公组织一支由军人和各类科学家构成的小队乘坐另一艘同型潜艇赛任2号下海救援赛任1号成员里面有两个女性其中一个是潜艇设计师的前妻
搜索的线索是赛任1号上面的一只黑匣子救援队据此潜航到一个非常隐蔽的海沟途中这艘黄色潜艇被一个巨大的白色不明物体包裹住艇长用电击法驱走这个怪物三名潜水员出艇勘查发现这里的海藻发生过变异大得出奇一名潜水员遭隐藏在海藻林间的异形生物突袭而亡另两名生还者采集了一些变异的海藻后返回潜艇
潜艇为了躲避变异生物的袭击进入了海沟内部探险结果发现海沟最底部有一个巨大空洞潜艇浮出水面艇员们穿着如同宇航服的特种防护衣进入这个幽深的洞穴发现内部竟然有人工开凿的痕迹里面到处都是变异生物有的类似巨型蜜蜂有的类似海蛇和恐龙的杂交体并且所有的生物身上都带有剧毒
队员们在留守在潜艇中的通讯指挥员的指示下不断深入寻找遗失的黑匣子然而当他们在洞内巡视时一头异形怪物穿破一名队员的保护罩进入他的体内队员们被迫将其击毙
同时潜艇上的变异海藻入侵了潜艇上的饮水系统接触海藻或者饮用了被海藻污染的水都会被侵蚀逐渐变为海藻的饲料一个杂役兵因此感染而死
队员们划着橡皮筏返回潜艇途中又被水中的异形逐个消灭
潜艇设计师和两个女队员以及一个男科学家继续在洞中考察他们发现了一个实验室在一具干尸面前的电脑上查到了所有的秘密原来这个海沟是美国政府遗弃的一个研究生物武器的秘密基地科学家通过生物基因杂交生产出了大量的生物武器但是不知是何原因试验发生事故所有的科学家被那些生物杀死无一幸免
他们试图炸毁试验基地不料在一个基因交换室遇到了最可怕的怪物一个竖挂在墙壁上的多脚海星在大家用步枪抵抗这个海星的时候一个男科学家被海星巨大的触手卷走一个女队员则被海星吸进口中……
任务结束旧情鸳鸯回到潜艇上却被一直呆在潜艇中的通讯指挥员截住并吐露实情:其实根本不存在什么黑匣子这次行动的真正目的就是取回生物试验的那张资料光盘所以他才一步步引导队员们接近那个嗜血实验室而且第一批返回的队员们有两人本来可以免受异形攻击的也是他从中作祟将舱门反锁让那两个队员活活的被异形拉进水中……
通讯指挥员实现了自己的全盘计划把幸存的三人:旧情鸳鸯和艇长关在寄生着变异海藻的船舱内幸而潜艇设计师把那张要命的光盘留在手中提出和通讯指挥员合作将其骗入船舱并被海藻感染而死
正当幸存者逃离危险之地时却发现艇长没有跟随他们一起进入逃生舱艇长告诉他们刚才制服通讯指挥员时他不小心被海藻感染了决定牺牲自己毁灭这个秘密基地
最后那对夫妻带着光盘乘逃生舱逃离了恐怖深渊回到陆地上揭露政府的阴谋而艇长则启动了潜艇的自毁系统炸毁了海沟的出口将那些变异生物永远封闭在海底深渊之中
