在第二次新吉恩战争别名夏亚的叛乱终结后地球圈取得了短暂的和平
这之后3年宇宙世纪0096年在工业殖民地工业7号上进行了一项秘密交涉内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的比斯特财团将把最高机密拉普拉斯之箱交给新吉恩的残党军袖付
另一方面在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女美耐巴·扎比奥黛丽为了制止新的战争爆发必须组织拉普拉斯之箱的交易巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后逐渐被她所吸引
随后地球联邦察觉了这起交易并进行军事介入工业殖民地随即化为一片火海巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉并且将箱之钥匙－－机动战士高达独角兽托付给他
随后一场围绕拉普拉斯之箱的战争开始了……
