在代欧奇希斯以下代欧变成防御型态与裂空坐持续激战的同时拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难市民们听到广播后便惊慌疏散代欧此时又变成攻击型态并对裂空坐释出攻击广播持续呼吁民众这并非演习而小超则在逃窜中的人群当中大惑不解为何代欧还活着当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了但听到它的求救声便镇静下来原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱小超决定帮忙当他打开垃圾桶盖时忽然负电拍拍迫不及待地冲出来小超又吓坏了不由自主地想要逃离现场这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来可怜的小超就这么昏过去了之后小智赶来发现不省人事的小超便用尽方法想把小超叫醒小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事背景的小卡比兽则捡着垃圾吃此时小遥小刚正太阿隆一位女性和两位双胞胎女生也赶到而小智正催促小超赶快逃难但小超还来不及动作忽然一束死光射到他们附近的地面把大家吓得魂飞魄散大家惊魂甫定时小超告知有个地方可以躲难一行人便跟了过去
小超带大家来到他之前去的玻璃温室植物园当小超对植物园的入口读卡机刷卡时发现读卡机故障门打不开了正太自告奋勇地用双手奋力把门扳开当大家为正太喝采时阿隆盯着小智看轻蔑地说小智怎么还待在拉鲁斯市里以为他惨败后早该羞愧地回老家了小智生气地说要再跟他比一场小遥只得劝架说现在不是时机但这时一旁的两位双胞胎女生加油添醋地说她们的哥哥绝不会输给小智小智质问她们是谁而那位女性解释那两位小女生是正太的妹妹们オオドリ暂大鸟和キャサリン暂凯萨琳女性则自我介绍是ヒトミ暂小瞳接下来我们都知道小刚会做出什么反应啦而小胜也立刻拉走小刚的耳朵
之后阿隆问大家该如何在植物园里打发时间而小瞳则拿出笔记型电脑开始查询那只DNA神奇宝贝的资料但出乎她意料之外并没有任何代欧的资料正太则催促她继续尝试背景的小卡比兽正在睡觉此时小智询问一脸哀伤的小超怎么了而在其他人的关切下小超开始诉说他四年前的经历小超仰望着还在激战的两只神奇宝贝在大家除了小卡比兽的全神贯注下说代欧是从宇宙来的四年前一颗陨石击中地表而从陨石中迸出那只被伦多博士命名为代欧奇希斯的神奇宝贝由于它侵犯了裂空坐的大气层领域于是大激战开始裂空坐的破坏死光之后准准地轰碎代欧奇希斯成为零星碎片阿隆对小超的故事怀疑并嗤之以鼻而正太也叫小超别把他们当小孩骗并反问为何代欧现在还活着小超只能回答他不知道
此时在温室植物园上空代欧开始复制自己的影子代欧分身分身群一看到四处躲藏的惊慌市民居然就开始冲下来掳走市民到不知名的地方去了
在植物园中小智他们仍藉着小瞳的电脑收听广播记者播报现在拉鲁斯市被,\罩在代欧所形成的透明罩里无法对外通行并且影子代欧们群仍不停地掳走人们小瞳关掉电脑正太则担心被困在这里在窗外的影子代欧群不时地逼近把大鸟和凯萨琳吓哭了忽然一只分身冲破玻璃屋顶进来小超看到赶紧叫大家赶快跑但影子代欧却已经冲下来了正太叫出水箭龟用高压帮浦却对影子代欧无效就在正太纳 闷为何无效的时候从背后另一只影子代欧偷袭正太和水箭龟从屋顶破洞把他们掳走了阿隆生气地叫出火焰鸡使出火焰飞踢小智叫皮卡丘用十万伏特小瞳叫出巨金怪用彗星拳双胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光线这些神奇宝贝在对付影子代欧群时小智叫大家赶快逃走阿隆则问小超是否知道紧急出口在哪突然小刚发现他的宝贝球无法打开了其他人也惊觉他们的也不行
影子代欧又杀出重围逼近小超害他只好继续逃躲阿隆叫火焰鸡攻击影子代欧并叫大家别管他而先行逃离阿隆请小遥照顾好他的两个妹妹但小遥不想丢下阿隆不管此时小刚正着急地想叫醒小卡比兽居然到这节骨眼还在睡而火焰鸡持续使出上勾拳拖延时间让小遥她们有时间跑到出口小遥叫正在战斗的小智他们赶快跑过来但小智他们还是吩咐小遥她们先行离开忽然小卡比兽打了大大的呵欠同时嘴里冒出白光照射整个温室居然把所有影子代欧给光分解了小智他们便趁机跑向出口离开
此时在伦多博士的研究实验室里伦多博士不省人事地躺平助手春野手持电击棒嘴里假惺惺地感谢伦多博士的努力带给他不少的方便忘我地盯着水晶球体幻想自己能如何地从中获得暴利和权势并掀起神奇宝贝界的大革命这时忽然有人敲门把春野吓了一跳原来外面是小超和一行人小超则对一行人解释实验室是建造在植物园的底下春野这时开门让大家进去但实验室里都不见伦多博士的人影小超问春野父亲的下落春野骗说伦多博士已经出门找他了小超担心外面那么危险爸爸会不会有事春野则叫小超不要穷担心小智打算出去寻找博士但阿隆则叫小智不要贸然行动造成大家的担心一群人便待在一起等伦多博士回来
已经晚上了却仍不见伦多博士的踪影大鸟和凯萨琳一直喊累喊饿阿隆只好哄她们安静再等一下此时小卡比兽手拿着三明治走向大鸟和凯萨琳那对双胞胎以为这只好心的神奇宝贝带给她们食物却看到小卡比兽当面把三明治吞掉了两个女生顿时大哭小智则决定要出外找食物阿隆仍是提醒小智外面的危险但这次小智毅然地跑出去阿隆和其他人只好尾随
在外头可看到影子代欧四处飘移如同在巡逻一般小智他们放低姿态以免被发现并一起计画找寻食物大作战当影子代欧暂时离开后大伙便分头行进而小智皮卡丘和小刚找到了一台热狗贩卖机但电源切断了小智叫皮卡丘使出十万伏特那台电动贩卖机便一边启动一边播放音乐热狗不停地掉出来小刚他们就尽可能地抓了一大把忽然小刚把小智压在地上并叫他不要出声原来头顶上飘着一群影子代欧小智他们躲在贩卖机后面但机器的音乐却还在播放影子代欧听到音乐后往贩卖机逼近小智他们则吓得以为死定了忽然小超和正负电拍拍从另一头走出来完全不知道影子代欧的存在分身们立刻冲向小超但正负电拍拍联合用了电击绝招保护小超这时一只影子代欧倏地攫住负电拍拍和小超小智便奋不顾身地抓住那只分身并猛咬它的一只手臂小超便挣脱成功了小智问小超是否安然无恙皮卡丘则持续攻击其他分身但为数实在太多了小智叫大家赶快逃离但小超仍担心负电拍拍的安全小刚呼吁他们自身的安全更重要于是他们便逃离现场了他们来到一间开着窗户的建筑物于是便爬进窗户躲藏影子代欧群飞掠过来幸好没有发现小智他们的踪迹在稍微喘气后小超发现正电拍拍为它的同伴难过便试着抚摸安慰正电拍拍却因为幼年创伤的身体排斥反应让他无法这么做只好对正电拍拍道歉此时皮卡丘在这栋建筑里找到一瓶水让大家心情好了起来
之后大家费了一番力气回到实验室并一面吃着热狗一面称赞多好吃此时阿隆指着小瞳的电脑广播告诉小智那些被影子代欧掳走的人们包括火箭队…和可达鸭都被带到不知名的地方小刚对那个特定地方感到奇怪这时忽然听到伦多博士的声音原来他从柜子里昏沈地爬出来显然不知道自己被电昏的事情博士说代欧正在找它的朋友并问大家春野在哪里大家说春野出去了博士环顾四周发现水晶球体不见了小超问父亲那是什么伦多博士则回答那球体是代欧奇希斯的另一部份身体之后博士透露原来那球体就是让代欧再生复制的关键小胜告知春野带着球体离开了阿隆则猜测原来代欧就是为了找回这球体才返回攻击大家的
忽然之前在植物园里的神秘光芒又出现在小超面前和他谈话小超向大家介绍这是他在植物园认识的朋友之后那光芒形成另一只代欧奇希斯的身影小超告诉父亲或许水晶球体还有生机便冲出去寻找后面跟着其他人
此时在拉鲁斯市的偏僻处春野带着一只箱子疯狂地跑忽然从两只神宝的战斗中射来一束死光在附近的地面爆炸让春野失去重心并摔倒箱子滚出水晶球体爆炸引发的碎石开始落向春野而这伦多博士的助手就被掩埋了在天空中的两只神奇宝贝也没闲着裂空坐开始用身体紧缠代欧让代欧无法动弹
小超后头跟着其他人藉由那个光芒的带领下继续向前跑小超现在了解为何代欧奇希斯不想要孤独并感同身受地决定要成为代欧的朋友其他人也决定帮助小超停息裂空坐与代欧之争此时春野挣脱瓦砾堆一边咒骂水晶球体带来他的麻烦春野这时困惑地找寻水晶球体的下落但立刻信誓旦旦地自信一定能很快找到他拿出遥控器按了钮激发不远处的水晶球体射出强光在天空中被裂空坐缠住的代欧往下看到晶体脸上顿时露出愤怒的表情回到地上引导小超的光芒正往水晶球体发出的强光接近小智则兴高采烈地说找到了阿隆觉得奇怪为何水晶球体会发出强光大家便蹲下来端详此时春野出现说水晶球体是他的并伸手准备拿的时候一群影子代欧过来把春野包围住了阿隆认为它们也是要来拿水晶球体此时小智决定这次要帮助春野…
