数年前人类以超级战舰轰天号在南极击溃哥吉拉并且将哥吉拉封印在地底下但是地球除了哥吉拉以外还有许许多多的怪兽对各大人类都市虎视眈眈于是人类成立了地球防卫部专门对付各种怪兽的入侵而地球防卫部最强大的成员就是当年封印哥吉拉的轰天号以及其舰长道格拉斯·戈登上校
此外为了应付怪兽对人类造成的困扰地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类这些超人类拥有普通人类所没有的M染色体让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性以应付怪兽的攻击其中的佼佼者就是尾崎真一少尉
就在不久之前人们挖到一个巨大怪物的遗骸而且怪物拥有机械跟生物的本质怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空不久尾崎真一收到来自婴儿岛小美人的警告这个怪物是当年被魔斯拉给封印的盖刚盖刚的出现代表着人类的危机
就在盖刚出土不久世界各地突然在同一时间遭受到了各大怪物的攻击一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额但是突然出现的神秘飞行器却将这些怪物全部都带走这些自称X星人的外星来访客声明自己是人类的朋友要跟人类建立起同盟关系更声称有一个巨大的星球即将撞上地球但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下发现根本就没有神秘星球要撞击地球而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的X星人根本是要把人类当作粮食来利用
虽然外星人的真面目被揭穿但是外星人拥有不可思议的超能力还有手下听命于外星人的巨大怪物地球防卫军最后被歼灭只剩下轰天号还苟延残喘著此时道格拉斯想出一个大胆的计策就是解开南极哥吉拉的封印让代表地球最强大怪物的哥吉拉去面对这些外星来的侵略者
