某天柯南因感冒在家休息期间接到了灰原哀的电话原来灰原做出了APTX4869的最新解药虽然只是试制品但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室服药后新一终于回到原有状态不过周遭的一切却似乎有所改变博士院子里的树长高了出现许多新的建筑物体育老师变得苍老班里的同学全是陌生面孔甚至元太光彦和步美也都变成高中生的模样
他找到同样变成高中生的灰原得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性最近5年已无法变会原有状态失落的柯南无奈看着周遭的转变更让他倍受打击的是小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师他们的恋情亦梦以幻何以为终……
