零度战姬2又名零度战姬振动故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉青井和叶是传奇中的潘多拉能与NOVA作战的少女和哉为了继承姐姐的遗志进入了潘多拉的专门学校「杰尼提克斯」并成为了「禁止接触女王」莎堤莱萨·艾尔·布丽姬的制御者从此他的生活便大大改变了
在因袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉编入了能够与NOVA对刚的战士以及其制御者的育成机关杰尼提克斯
在那里和哉与被人称作禁止接触女王所畏惧着的少女莎缇莱萨·艾尔·布丽姬相遇了
喜欢上了拥有姐姐背影的莎缇莱萨的和哉在不停被拒绝的情况下仍旧与她共赴战场慢慢的缩短了距离
在这时由于杰尼提克斯的上层机关修吧里诶的命令和哉被派遣到了阿拉斯加的基地在那里正进行着对抗NOVA的新对策人工创造出潘多拉的E潘多拉计划
