新世纪福音战士分为DEATH篇死亡篇与REBIRTH篇新生篇两个部分死亡篇以原 TV版动画第到第2的内容为基础重新剪辑了一个总结篇新生篇内容承接第2内容
第十七使徒被消灭后SEELE向NERV下达命令要EVA初号机负责执行人类补完计划然而碇元度不认同SEELE的做法拒绝执行SEELE认定这是一种叛变的行为决定把NERV彻底消灭
破晓时分NERV本部突然遭到来自战略自卫队的袭击他们对NERV的人员进行了惨无人道的大屠杀为了保护驾驶员葛城美里命令把精神崩溃的明日香送上二号机并放在湖底的深处自已就亲自去救碇真嗣 但此时的碇真嗣已经处在精神崩溃的边缘
