自西元20XX年人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔Zohar的物体之后便开始对它进行研究后来有人重建出来所谓的神之语言并建立电脑程式以启动原始索哈尔进行和上位领域的UDO上位领域当中的红色波动存在连结的连结实验但很不幸地从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移使地球游戏中所谓的失落耶路撒冷几乎完从从宇宙中消失人类因而被迫逃亡离开地球
到了四千年多后在故事开始前十五的TC4753年米尔奇亚行星Miltia爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件在此次事件当中米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯Gnosis的攻击并在冲突事件后消失但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知在事件后启动原始索哈尔后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔所需的神之语言原始索哈尔的研究成果米尔奇亚的UMN座标等事物都被封存在Y资料当中而Y资料又被封存在百式观测用合成人RelianMOMO的意识内然而这么做却引起了各方势力对MOMO的争夺因此星团联邦政府游戏中统治各行星的政府英版名Galaxy Federation雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人Cyborg以保护MOMO的安全
另一方面在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年也就是大约在游戏EPI开始的时候当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义进行对格诺西斯用战斗兵器KOSMOS的开发计划但和当时多使用合成人Relian与生化人Cyborg的情况所不同的是KOSMOS是个纯粹的机械制品另一方面在EPI开始时参与KOSMOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑正乘着当时载有还没正式启动的KOSMOS的Woglinde号太空船进行旅途但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击而KOSMOS也在此时突然启动卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋以及会改变人类命运的事件当中……
