省吾達の帰還から数百年が経った時代人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていたそれはかつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だったしかしその支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される
そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体はあの矢作省吾だった地球に帰還した際彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達はバーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れシステムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった
省吾はその支配から開放された直後後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまうそれを知ったイヴは単身ADAMへ向かう人々を救う為……
