ブシロードのトレーディングカードゲーム「カードファイト ヴァンガード」を原作とするテレビアニメ・シリーズの第五期第四期で一区切りを迎えた物語からは大半の登場人物が入れ替わり主人公の新導クロノを中心とする新たな物語へと突入する本作から梅本唯が新たに監督を務めシリーズ構成は「ラストエグザイル 銀翼のファム」「悪魔のリドル」の吉村清子にバトンタッチされたキャラクターデザインは引き続きとみながまりが担当している
ある日中学生の新導クロノは下駄箱に謎のカードの束と一枚の地図が置かれているのを発見するそれはヴァンガードというカードゲームのものでありギアクロニクルと呼ばれる誰も見た事のない幻のカードだったヴァンガードの世界を知り綺場シオンや安城トコハとの出会いを経てクロノの運命は大きく動き始める